主祭神は八幡三神と呼ばれ、祭られている神殿の順に応神天皇（一の御殿）、比咩大神（ひめのおおかみ／二の御殿）、神功皇后（三の御殿）の三柱の神が上宮・下宮に祭られている（メインは上宮だが、上宮・下宮どちらも三柱全てを祀っている）。比売大神は宗像三神のこととされる。
このほか、境内には仁徳天皇以下五柱の通称「若宮五神」を祭る若宮神社、応神天皇の子神を祭る春宮神社、大山積尊を祭る亀山神社（亀山は当宮が位置する山の名前）、境内の菱形池を守る水分（みくまり）神社、菅原道真を祭る天満神社、素戔嗚尊を祭る八坂神社、武内宿禰を祭る黒男神社、和気清麻呂を祭る護皇神社、初代大宮司・大神比義を祭る大神祖神社、かつて東征中の神武天皇をこの地でもてなしたとされる菟沙津彦・菟沙津姫を祭る宇佐祖神社などが末社として敷地内に存在する。
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